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生物工程学报 2008
aⅱbb3同源模拟和环形rgd药物小分子设计, PP. 297-301 Keywords: aⅱbb3,同源模拟,对接,rgd-c,mm Abstract: 血小板表面的整合蛋白aⅱbb3对血栓的形成具有很重要的调控作用,aⅱbb3与纤维蛋白原上的rgd特征序列结合,促进血小板凝集进而形成血栓。这样可以在理论上设计一个环形rgd小分子(rgd-c)与aⅱbb3蛋白结合,阻断其与纤维蛋白原的结合位点,进而阻断血栓形成。以糖蛋白avb3(pdb代码1jv2)作为模板,利用modeller8v2软件进行同源模拟得到aⅱbb3三维模型。而小分子则以rgd序列为主,两边各加一个氨基酸x、y,x和y之间用一个二硫键相连,通过改变x和y,重复优化过程则可得到不同的小分子模型,将其与aⅱbb3进行分子对接,可以找出比较理想的xy组合,对治疗血栓的药物设计具有重要的理论指导作用
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