rna二级结构预测系统构建

运用下列rna二级结构预测算法:碱基最大配对方法、zuker极小化自由能方法、螺旋区最优堆积、螺旋区随机堆积和所有可能组合方法与基于一级螺旋区的rna二级结构绘图技术,构建了rna二级结构预测系统rnafold.另外,通过随机选取20个trna序列,从自由能和三叶草结构两个方面比较了前4种二级结构预测算法,并运用t检验方法分析了自由能的统计学差别.从三叶草结构来看,以随机堆积方法最好,其次是螺旋区最优堆积方法和zuker算法,以碱基最大配对方法最差.最后,分析了两种极小化自由能方法之间的差别.