gopipe:批量序列的geneontology注释和统计分析

随着后基因组时代的到来，批量的测序，特别是est的测序，逐渐成为普通实验室的日常工作.这些新的序列往往需要进行批量的geneontology(go)的注释及随后的统计分析.但是目前除了goblet以外，并没有软件适合对未知序列进行批量的go注释，而goblet因为具有上载量的限制，以及仅仅利用blast作为预测工具，所以仍有许多不足之处.开发了一个软件包gopipe，通过整合blast和interproscan的结果来进行序列注释，并提供了进一步作统计比较的工具.主程序接收任意个blast和interproscan的结果文件，并依次进行文本分析、数据整合、去除冗余、统计分析和显示等工作.还提供了统计的工具来比较不同输入对go的分布来挖掘生物学意义.另外，在交集工作模式下，程序取interproscan和blast结果的交集，在测试数据集中，其精确度达到99.1%，这大大超过了interproscan本身对go预测的精确度，而敏感度只是稍微下降.较高的精确度、较快的速度和较大的灵活性使它成为对未知序列进行批量geneontology注释的理想的工具.上述软件包可以在网站(http://gopipe.fishgenome.org/)免费获得或者与作者联系获取.