mirna与其靶mrna的相互作用：绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析

mirnas通过完全或不完全的碱基互补绑定到信使rna(mrna)上，通过抑制翻译或者直接导致mrna降解的方式来调节靶基因的表达．为了研究mirnas在转录水平上面的调控作用，两种人类基因组中组织特异的mirnas(mir-1和mir-124)被转染到hela细胞中，微阵列(microarray)分析转染前后细胞中各基因mrna表达水平变化情况的结果表明：动物基因组中靶基因与mirnas不完全的碱基互补也会导致mrna的直接降解．通过分析实验得到的mrna表达水平变化数据，发现这相同mirna的不同靶基因mrna表达水平的下调倍数有着明显的差别，推测这些靶基因mrna序列本身存在某些影响其受调节程度的因素．为此，提取和分析这些靶基因mrna的序列特征，通过对这些序列特征与mrna表达水平下调数据进行统计相关分析，最终发现，mirna靶基因受调节的程度与以下几个因素相关联：mrna序列中mirna靶位点的个数，靶位点与mirna序列碱基互补的程度，以及绑定后形成二级结构的稳定程度(即最低自由能的大小)．在此基础上，初步建立起一个多因子作用下的mirna靶基因mrna表达水平下调程度模型，分析表明：该模型在一定程度上可以反映了部分序列特征对于mirna靶基因mrna表达水平下调程度的影响．