shotgun法测序制备高纯度水稻基因组dna的方法探讨(英)

在用散弹(shotgun)法测定水稻(oryzasatival.ssp.indica)基因组全序列的过程中，叶绿体和线粒体dna的污染问题非常严峻.应用脉冲场电泳（pfge）技术对水稻基因组dna进行纯化，结果表明它能够有效去除叶绿体和线粒体dna，使其污染率从3%降低到0.2%.同时，比较了水稻绿苗和黄化苗的dna得率，以及hb法和nib法制备大分子质量(hmw)dna的异同.最后提出一套制备水稻基因组dna的方法，包括黄化苗培养;细胞核的分离、包埋和裂解；脉冲场电泳纯化、回收聚集在低熔点（lmp）胶中的水稻hmwdna.用该方法所得的水稻基因组dna，纯度高（无叶绿体和线粒体dna污染）、基因组完整（机械剪切和降解少）、回收率高（操作过程中dna损失少）.另外，首次报道在融化的低熔点（lmp）胶中对水稻hmwdna于38℃进行超声波处理，能够获得用于shotgun文库和梯度文库构建所需要的各种dna片段(1.5～3kb,3～12kb)，并且效果优于在te中进行操作.