k-gram方法识别microrna前体

micrornas(mirnas)是动植物中较短的参与调控基因表达的功能性非编码rna序列.第一个mirna是通过实验手段发现的，然而通过实验手段识别mirna在技术上仍然具有很大的挑战性和不完整性.因此，mirna基因识别需要寻求计算方法来弥补实验方法的不足.提出了一个全新的mirna前体的识别方法.在构造识别模型中，把初级序列和序列二级结构相结合，采用k-gram方法把序列信息映射到高维特征空间中，然后通过特征选取方法提取特征，并用这些特征为mirna前体的识别构造了基于svm的识别模型.同时，采用隐马尔可夫模型(hmm)的学习方法进行了比较.实验结果表明，该方法是有效的，可以达到较高的敏感性和特异性.