拟南芥基因密码子偏爱性分析

密码子偏爱性对外源基因的表达强度有一定影响，特别是编码蛋白质n端7～8个氨基酸残基的密码子.通过对拟南芥染色体中26827个蛋白质对应的基因密码子进行分析，得到了编码氨基酸的61种密码子在拟南芥中的使用频率，并与大肠杆菌和哺乳动物进行了比较，结果表明三者间的密码子偏爱性有较大差异.这一分析结果对于动物基因在植物中的表达，及植物基因在微生物中的表达具有一定指导意义.同时提供了一种直接以xml文档为数据源解析巨型xml格式染色体数据的方法.