t-dna标签在转基因水稻基因组中的整合特点

利用热不对称交错pcr(tail-pcr)，对200个含t-dna插入的转基因水稻株系进行分析，获得了159个t-dna右边界侧翼序列.其中，92个序列含有t-dna右边界和侧邻的水稻基因组序列，78个序列与已公布的水稻bac/pac克隆有97%～100%的同源性，从而可作为t-dna标签定位在水稻的12条染色体上.结合先前定位的169个t-dna标签，对t-dna在水稻基因组中的整合特点进行了分析.结果发现，在t-dna右边界和侧邻的水稻基因组序列的连接处，14.6%的t-dna标签含有3～74bp的填充序列.在不含填充序列的连接处，21.3%的t-dna标签，在整合后的t-dna右边界与侧翼的水稻基因组序列之间显示出3～5bp的微同源性.填充序列和微同源性的存在，揭示了t-dna在水稻基因组中的整合既存在双链断裂修补机制，又存在单链裂缝修补机制.t-dna倾向于整合到富含a/t核苷酸的基因组区域，即主要在基因的5′和3′端调控区以及内含子中.