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ISSN: 2333-9721
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t-dna标签在转基因水稻基因组中的整合特点

Keywords: 水稻(oryza,sativa,l.)基因组,t-dna标签,整合特点

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利用热不对称交错pcr(tail-pcr),对200个含t-dna插入的转基因水稻株系进行分析,获得了159个t-dna右边界侧翼序列.其中,92个序列含有t-dna右边界和侧邻的水稻基因组序列,78个序列与已公布的水稻bac/pac克隆有97%~100%的同源性,从而可作为t-dna标签定位在水稻的12条染色体上.结合先前定位的169个t-dna标签,对t-dna在水稻基因组中的整合特点进行了分析.结果发现,在t-dna右边界和侧邻的水稻基因组序列的连接处,14.6%的t-dna标签含有3~74bp的填充序列.在不含填充序列的连接处,21.3%的t-dna标签,在整合后的t-dna右边界与侧翼的水稻基因组序列之间显示出3~5bp的微同源性.填充序列和微同源性的存在,揭示了t-dna在水稻基因组中的整合既存在双链断裂修补机制,又存在单链裂缝修补机制.t-dna倾向于整合到富含a/t核苷酸的基因组区域,即主要在基因的5′和3′端调控区以及内含子中.

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