鲤胰蛋白酶原基因的电子克隆及生物信息学分析

为深入研究胰蛋白酶在鱼类中的生理功能和作用机制,利用生物信息学的方法,成功获得了鲤3种胰凝乳蛋白酶原cdna序列(cctrp1、cctrp2和cctrp3)并对其进行了序列分析。结果表明,三者均含有一个长度为729bp的开放阅读框(openreadingframe,orf),编码由242个氨基酸组成的胰蛋白酶原,其中包括15个氨基酸组成的信号肽和5个氨基酸(ldddk)组成的激活肽。总平均亲水性gravy(grandaverageofhydropathicity)分析表明,三者均是亲水性蛋白。氨基酸比对结果显示,三者具备胰蛋白酶原的保守结构特征,如含有催化三联体氨基酸(his-57、asp-102和ser-195),12个半胱氨酸,位于底物结合口袋底部asp-189和口袋开口处的gly-216、gly-226等。同时,鲤3种胰蛋白酶之间具有90%以上的同源性。进化树结果显示,鲤3种胰蛋白酶均属于groupi(阴离子型胰蛋白酶),且三者的进化距离不一致。