笛鲷属线粒体基因组编码序列的系统进化分析能力评估

运用通用引物长距pcr(long-pcr)和常规pcr相结合的方法测定了鲈形目笛鲷科的4种笛鲷属鱼类(孟加拉笛鲷、四带笛鲷、千年笛鲷和马拉巴笛鲷)和军曹鱼科的军曹鱼线粒体dna基因组全序列(genbank序列号分别为fj171339,fj416614,fj824741,fj824742和nc_011219),得出所用全序列测定体系的方法通用性较强,操作简单。线粒体基因组的比对分析表明,测定的mtdna基因组的绝大部分区段与genbank中现有的脊椎动物的序列有较高的同源性。以军曹鱼外群结合genbank中近缘笛鲷鱼类(勒氏笛鲷、蓝点笛鲷和黑带鳞鳍梅鲷)进行的聚类分析中,勒氏笛鲷与黑带鳞鳍梅鲷的聚类关系近于同属物种,与形态学分类存在矛盾。通过单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑邻位连接法构建系统进化树的置信度和序列的信息量,对13种蛋白质编码基因在属内种间的系统进化分析能力进行了评估,将基因分成不同的4等:很好的为atpase6和cox2;好的序列为nd2和cox1;差的为nd6、nd3和atpase8;包括cytb在内的其余6种基因为中等。分析还揭示出序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。