利用pcr-dgge方法分析不同鸡群的盲肠微生物菌群结构变化

研究不同品种、饲养阶段的健康和不良鸡群对盲肠细菌种群结构和多样性的影响。使用基于16srdna的pcr-dgge技术,结合割胶回收dna进行克隆和测序,分别以4、6、10、16、20、40周龄蛋鸡及1、2、4、6、7、8周龄肉鸡健康、不良鸡群盲肠内容物为样本,研究其中特定细菌类群的16srdna序列片段指纹图谱,并进行聚类分析,鉴定特异性和共性种群。在两品种健康鸡群盲肠内容物的细菌群落中,lactobacillus属菌株的相似性均高于不良鸡群,并且在不同饲养阶段的健康、不良鸡群间指纹图谱平均条带数差异显著(p<0.05);而bacteroides属菌株在健康鸡群盲肠内容物细菌的相似性与不良鸡群较为相近,健康、不良鸡群间平均条带数差异显著(p<0.05);clostridium属菌株在蛋鸡20、40周龄的平均条带数差异不显著(p>0.05),但肉鸡各周龄健康、不良鸡群间的平均条带数差异显著(p<0.05)。序列测序结果,在蛋鸡产蛋期健康、不良鸡群样本中均检测到能动乳杆菌(lactobacillusagilis),而育雏和育成期中均检测到鸟乳杆菌(lactobacillusaviaries)和不可培养细菌;两品种的健康、不良鸡群样本中均检测到bacteroides属的生酸拟杆菌(bacteroidesacidifaciens)、不可培养物细菌(unculturedbacterium);而健康、不良蛋鸡群样本中均检测到clostridium属不可培养的变形菌(unculturedproteobacterium),健康肉鸡群中检测到索氏志贺菌(shigellasonnei),而两品种不良鸡群中均缺乏此类菌种。结果显示,不同品种、饲养阶段的鸡群,其盲肠细菌群落的组成差异显著,并且细菌种群结构对鸡群的生长发育影响较大。