球形棕囊藻(phaeocystisglobosa)叶绿体psaa基因片段的序列分析

根据genbank中检索到的南极棕囊藻(phaeocystisantarctica)psaa基因序列设计psaal和psaar引物,对球形棕囊藻(phaeocystisglobosa)的psaa基因片段进行pcr扩增并测序,获得了629bp的dna序列。应用clustalx对球形棕囊藻p1、p2株系和南极棕囊藻的psaa基因片段序列进行比对,结果表明,球形棕囊藻psaa基因片段序列无插入/缺失,核苷酸差异率为3.34%。应用dnastar分析软件推断球形棕囊藻和南极棕囊藻的psaa基因对应的氨基酸序列和rna二级结构,发现它们的氨基酸序列差异不大,序列中209个氨基酸只有1个发生了变化,其氨基酸变异率为0.48%;除部分结构域比较相似外,rna二级结构上体现一定程度的差异,这可能对棕囊藻的分子分类研究有参考价值。因所获得的psaa基因片段序列及氨基酸序列具有种的极端保守性,不适宜用作phaeocystis属种间的分子分类研究。