基因序列分析软件hmmpfam的可扩展并行性能优化

基于mpi(messagepassinginterface)平台实现了hmmer软件包核心程序之一hmmpfam的大规模并行计算.该版本针对原pvm(parallelvirtualmachine)并行版本在并行规模扩大后,master易成为通信瓶颈的问题,对通信结构进行了优化,提出了一种新的三层通信结构,在序列和hmm模型的两个层次上实现了并行化,并分别提供了有效的负载平衡策略,同时优化了i/o性能,在700多台处理机上达到95%的效率.