香菇EST资源的SSR信息分析

对来源于NCBI 公共数据库的12144 条香菇(Lentinus edodes)EST 序列进行简单重复序列SSR 搜索。结果表明：在这些香菇EST 序列中共有359 个SSR 位点，46 种SSR 的重复单元，其中2 碱基重复243 条(67.69%)，3 碱基重复114 条(31.76%)，5 碱基重复1 条(0.28%)，6 碱基重复1 条(0.28%)。平均33.8 条EST 序列中有1 个SSR。SSR的碱基总数达7727kb，约占整个EST 序列碱基数的2.94%。本实验还根据搜索结果设计了100 条香菇EST-SSR 引物，并随机合成了20 对引物。以4 个野外采集的香菇DNA 为模板，对引物进行了筛选与评价，有16 对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物，其中11 对引物的产物存在遗传多态性。结果表明本实验设计开发的香菇的EST-SSR标记是可行且有效的