黑麂mhc-dqa2基因多态性

？利用牛特异性扩增dqa2第2外显子的嵌套引物,对黑麂基因组dna进行pcr扩增和克隆测序,基于该序列设计出黑麂dqa2基因第2外显子特异性引物。利用该引物,通过pcr-sscp以及克隆测序技术,从40个黑麂样品中获得4个不同的dqa2等位基因。没有一个个体同时具有2个以上的等位基因,所有序列均不含插入或缺失突变,不含终止密码子,因此,本研究所扩增的dqa2基因可能是表达的单基因座位。抗原结合区(peptidebindingregion,pbr)非同义替换率(dn)显著大于同义替换率(ds)(p<0.05),暗示该座位曾经历过明显的正选择作用;进一步利用codeml程序中的相关模型以及贝叶斯法检测出4个受选择作用的氨基酸位点(α11、α58、α62、α66),这4个位点均位于pbr区。基于nj法构建的部分偶蹄类dqa外显子2系统发生关系显示,黑麂4个dqa2等位基因与牛、羊以及梅花鹿的dqa2等位基因构成独立的进化枝,在该进化枝内,黑麂dqa2等位基因优先与牛dqa2等位基因聚类,暗示黑麂dqa2基因在进化过程中存在跨物种进化现象。上述结果表明平衡选择是维持黑麂dqa2基因多态性的主要机制。然而,本研究从40个样品中仅检测出2个杂合子,黑麂dqa2等位基因之间的频率存在显著差异,推测可能是所检测的样品来源于不同种群,由于华伦德效应(thewhalundeffect)导致杂合度降低,也不排除本文所设计的引物在pcr扩增过程中存在无效等位基因。