三七pnugt1基因的全长cdna克隆和生物信息学分析

本研究通过对三七的转录组高通量测序结果进行分析,采用5'-race和rt-pcr方法,对其中一条可能参与三萜皂苷合成的udp-糖基转移酶基因转录本(pn02086)进行全长克隆,预测了该基因编码蛋白的理化性质、保守结构域等,并对其进行了进化分析。通过全长克隆,得到一条开放阅读框为1488bp的cdna序列,命名为pnugt1,genbank登录号jx018210。该基因编码495个氨基酸,蛋白分子量为55.453kd,属于不稳定蛋白。二级结构中α-螺旋占36.16%、β-折叠占11.31%、无规卷曲占52.53%。interproscan预测该蛋白具有7个保守结构域,包括在植物次生代谢产物中相关糖基转移酶特有的pspg保守基序。该蛋白不具有信号肽和跨膜区,最有可能定位在细胞质中。序列比对和进化关系分析表明,该蛋白和蒺藜苜蓿三萜合成相关的udp-糖基转移酶aaw56092的亲缘关系较近,pspg保守区域的相似性为66%。该基因在三七叶中表达量较在花、茎和根中的表达量高。推测pnugt1基因可能参与了三七皂苷的合成。