基于est-ssr的金银花分子鉴别方法研究

利用简单有效的方法鉴定药用植物种及其变种一直是中药材鉴定首先要解决的问题。金银花是临床常用大宗中药材之一,源自忍冬科植物忍冬(lonicerajaponicathunb.)的花蕾。为了有效利用金银花est序列开发功能性分子标记,本文通过生物信息学手段对本实验室保存的忍冬及其变种红白忍冬(l.japonicavar.chinensisthunb.)est序列进行分析,共获得3705条忍冬est-ssrs,且平均每4.05kb检出一个ssr(simplesequencerepeat);2818条红白忍冬est-ssrs,平均每7.49kb检出一个ssr。分析结果表明金银花及其变种红白忍冬主要ssr重复为二核苷酸,其次为三核苷酸,主要重复基序类型为ag/tc和gag/tct。通过同源比对,在忍冬及其变种中共筛选出87对重复次数具有差异的est-ssr。选出15对碱基数差异大于6的est-ssr进行验证,结果表明其中的13对引物在52份金银花类药用植物中具有有效扩增产物,且引物jp.ssr4、jp.ssr64及jp.ssr65可用于忍冬及其变种、山银花原植物的鉴别。