紫苏属药用植物的rdnaits区snp分子标记与位点特异性pcr鉴别

目的分析单种属——紫苏属各变种间rdnaits区的序列以及存在的单核苷酸多态性(snp)现象，设计出位点特异性pcr引物，用于紫苏属各变种间的分子标记鉴别。方法对紫苏属各变种多个体的rdnaits区全序列进行了准确测定，运用clustralx1.8，mega3.0进行排序并进行snp分析，从而设计出鉴别各变种的等位基因位点特异性pcr鉴别引物。结果紫苏属各变种(紫苏、白苏、鸡冠苏和耳齿紫苏等)的rdnaits区全序列共有615～618bp的长度，its1为233～235bp，5.8s为179bp，its2为203～204bp，gc含量为61.5%～61.9%。从rdnaits区碱基变异的整体情况来看，紫苏属各变种间不仅在非编码的转录间隔区its1和its2内存在非编码区单核苷酸多态性(ncsnp)，而且在保守的5.8s编码区内也存在3个位点的单核苷酸多态性，即编码区snp(csnp)，所有的snp均只具2等位多态性。5.8s区csnp的出现与产生该变异的变种出现的显著形态差异关联。本文还利用这些snp位点设计出了鉴别紫苏属各变种的位点特异性pcr引物，无需测序即可对紫苏属的原植物及“苏子”、“苏叶”等药材进行有效准确的分子鉴别。结论紫苏属药用植物rdnaits区存在的snp可用作紫苏属各变种鉴别的分子标记。