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ISSN: 2333-9721
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藻类△6脂肪酸脱饱和酶基因密码子偏好性分析
Keywords: 藻类,△6脱饱和酶基因,密码子偏好性,聚类分析
Abstract:
?△6脂肪酸脱饱和酶是在长链脂肪酸18c位置上引入双键的关键酶。本文分析硅藻门、绿藻门和蓝藻门等藻类的△6脂肪酸脱饱和酶基因密码子偏好及碱基位置偏好,同时比较藻类△6脂肪酸脱饱和酶基因与大肠杆菌、酵母及拟南芥基因组的密码子偏爱性。结果发现,硅藻门t.pseudonana与p.tricornutum及绿藻门ostreococcustauri△6脂肪酸脱饱和酶基因明显偏爱使用以g或c结尾的密码子,gc含量高达61.61%。蓝藻门三种藻△6脂肪酸脱饱和酶基因与之相反,偏爱a或u结尾的密码子,gc含量仅为39.1%。所选9条不同藻类的△6脱饱和酶基因密码子偏好不明显,说明藻类物种间差异对△6脱饱和酶基因密码子偏好性的影响较小,在进化上较为保守。然而,藻类△6脱饱和酶基因密码子用法与大肠杆菌、酵母和拟南芥的△6脱饱和酶基因密码子用法差异较大,若要实现该基因在以上宿主中的高效表达则需对部分密码子进行改造。
References
[1] | ?comeronjm,aguadem.anevaluationofmeasuresofsynonymouscodonusagebias[j].journalofmolecularevolution,1998,47(3):268-274.[2]?zhout,guw,maj,etal.analysisofsynonymouscodonusageinh5n1virusandotherinfluenzaaviruses[j].biosystems,2005,81(1):77-86.[3]?sharppm,stenicom,pedenjf,etal.codonusage:mutationalbias,translationalselection,orboth?[j].biochemicalsocietytransactions,1993,21(4):835-841.[4]?livingstonefb.geneticdriftandpolygenicinheritance[j].americanjournalofphysicalanthropology,1972,37(1):117-126.[5]?石秀凡,黄京飞,柳树群,等.人类基因同义密码子偏好的特征以及与基因gc含量的关系[j].生物化学与生物物理进展,2002,29(3):411-414.[6]?duretl,mouchiroudd.expressionpatternandsurprisinglygenelengthshapecodonusageincaenorhabditis,drosophila,andarabidopsis[j].proceedingsofthenationalacademyofsciences,1999,96(8):4482-4487.[7]?sakaih,washiot,satior,etal.correlationbetweensequenceconservationofthe5?untranslatedregionandcodonusagebiasinmusmusculusgenes[j].gene,2001,276(1/2):101-105.[8]?顾万君,马建民,周童,等.不同结构的蛋白编码基因的密码子偏性研究[j].生物物理学报,2002,18(1):81-86.[9]?石秀凡,黄京飞,梁宠荣,等.人类基因中同义密码子的偏好与密码子-反密码子间的结合强度密切相关吗?[j].科学通报,2000,45(23):2520-2525.[10]?zhaos,zhangq,liux,etal.analysisofsynonymouscodonusagein11humanbocavirusisolates[j].biosystems,2008,92(3):207-214.[11]?赵耀,刘汉梅,顾勇,等.玉米waxy基因密码子偏好性分析[j].玉米科学,2008,16(2):16-21.[12]?吴宪明,吴松锋,任大明,等.密码子偏性的分析方法及相关研究进展[j].遗传,2007,29(4):420-426.[13]?powelljp,sezzie,moriyamaen,etal.analysisofashiftincodonusageindrosophila[j].journalofmolecularevolution,2003,57:214-225.[14]?bulmerm.theselection-mutation-drifttheoryof???synonymouscodonusage[j].genetics,1991,129(3):897-907.[15]?王侃,刘次全,曹槐,等.大肠杆菌mrna编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性的关系[j].微生物学报,2006,46(6):895-899.[16]?张文娟.基于密码子水平的生物信息学分析及进化研究[d].上海:复旦大学生命科学学院,2006.?
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