固有无序超嗜热菌flgm蛋白在两种不同温度下的构象变化特征

基于分子动力学模拟方法比较了超嗜热菌flgm蛋白在常温(293k)和生理温度(358k)下的结构特征.基于gromacs软件包,采用opls-aa分子力场和tip3p水模型,对超嗜热菌flgm蛋白在293和358k进行了2组独立的长时间分子动力学模拟,每组体系模拟时间为1500ns.主要分析了两种温度下超嗜热菌flgm蛋白的二级结构特征、整体构象变化及半无序化区域和结构化区域的构象特征.研究结果表明:在常温下,n端具有一定程度的螺旋成分,但在生理温度下,超嗜热菌flgm蛋白的结构变得松散,螺旋结构减少,构象稳定性减弱,h1螺旋散开,flgm蛋白构象灵活性增强,不稳定程度增加.这些不同温度的结构变化说明:半无序化区域(n端)在非结合状态下有一定的螺旋结构,但该段螺旋的稳定性随温度升高而降低.超嗜热菌flgm蛋白会通过增加结构的无序程度使结构更加灵活,以适应高温,从而使该类固有无序蛋白更好地行使其功能,如提高同其他成分的结合速率等.