甲硫氨酸-脑啡肽的分子动力学模拟

用高温淬火分子动力学模拟方法研究了甲硫氨酸-脑啡肽(met-enkephalin)在真空中的构象性质.经聚类分析和能量优化得到了十三个低能构象,并与吗啡进行了空间拟合.模拟结果表明,met-enkephalin是一种构象柔性大的多肽分子,可具有多种构象,主要为gly2-gly3和gly3-phe4之间的β-折叠型式.大多数的结构具有由氢键连接两个末端残基所形成的假大环,侧链和芳香环定位在假大环的同侧.模拟结果还表明,模型最大的特征是:酪氨酸残基中的氨基n相当于吗啡中哌啶环上的季胺n,酪氨酸残基中的酚环相当于吗啡中的酚环,苯丙氨酸残基中的芳香环相当于吗啡中环己烯环.此肽与吗啡在空间结构(药效基团)上非常相似,都满足阿片受体的要求.所以,它们可作用于同一受体.该模型也能为具有阿片效能的肽和非肽配体的药效团设计提供帮助.