残基突变对p53-dna结合域肽段构象影响的分子动力学模拟

基于分子动力学模拟方法研究了r249s、r248w和g245s突变对p53-dna结合域肽段(残基230-258)结构的影响.采用gromacs软件包和gromos43a1分子力场,分别对野生型wtp53肽段、单点突变型p53-r249s肽段、两点突变型p53-r249s/r248w肽段和三点突变型p53-r249s/r248w/g245s肽段进行了4组独立的分子动力学模拟,每组体系模拟时间为500ns.研究结果表明:r249s单残基突变影响肽段残基形成二级结构的情况,但不改变肽段三维结构的模式,同时使该肽段结构相对稳定;r249s和r248w两残基同时突变会加剧r249s突变对肽段的影响,同时导致三维结构发生较大变化,构象弯曲呈现双turn结构,肽段稳定性进一步增大;g245s突变对肽段的影响与r249s和r248w同时突变对其结构的影响相反,在两残基突变的基础上,g245s突变会使原突变引起的变化减弱甚至消失,同时使得该肽段结构稳定性减小.该研究对认识肿瘤致病分子机制和设计新药物有重要意义.