丙氨酸二肽分子二级结构与振动光谱特性

利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽的二级结构布居特性以及体系势能变化.引入对分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带),借助其光谱表象,寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系.研究结果表明:丙氨酸二肽分子处于c7eq构型(φ/ψ=-80°/80°)时具有最低能量值,且分子易形成β折叠、ppii、c5及c7等能量较低的稳定构型.通过简正模式分析,得到分子3n-6个振动模式的吸收光谱,并通过势能分布分析方法对分子骨架上酰胺振动吸收带的特征振动模式进行了指认.重点考察分子骨架上酰胺-i带振动光谱参数与分子构型变化之间的相关性,建立振动光谱参数与蛋白质二级结构之间的联系,为在化学键水平上研究蛋白质的结构及其发挥作用的机制提供科学依据.