蛋白质与线性dna片断结合过程中的末端效应

各种体外实验技术被广泛地用来研究dna-蛋白质之间的相互作用,但体外和体内实验一个最明显的区别是实验使用的dna片段远远短于基因组dna,因而多出了大量线性dna分子末端.末端问题曾倍受关注,若干研究小组在不同系统中对其进行了研究,但结果却并不一致,甚至完全相反.本文利用表面等离子共振技术(spr)对一系列不同长度非特异dna和mnt阻遏蛋白结合和解离过程进行实时监测,结果表明该蛋白在线性dna分子末端有比内部位点更高的解离速率.通过考察在不同位点含有特异序列的dna与mnt阻遏蛋白的结合过程,发现线性dna分子末端在一定距离内会直接影响dna与该蛋白的特异性结合.