金华猪和大约克猪分娩后21d乳腺micrornas的预测和差异研究

？micrornas(mirnas)是一类单链小rnas，是重要的基因表达调控因子，通过与靶基因的3'utr序列互补来调控基因的表达。鉴定乳腺组织的mirnas及其靶基因，对揭示mirna在乳腺组织基因调控中的作用十分重要。本研究分别从分娩后21d金华和大约克母猪的乳腺组织中提取小rna并构建各自的cdna文库，通过illuminagenomeanalyzerⅱx测序平台对它们进行高通量深度测序。将测序初始序列经过序列类型、长度、丰度的筛选得到比对序列，然后与已有的mirna数据库、genome和est数据库进行比对。将两个猪种检测到的mirna进行品种间差异性比较，并在差异性结果中选择相对丰度较高的前10个mirna对其进行生物信息学分析。结果发现：金华猪乳腺组织的比对序列有9672024条，大约克猪6946905条；共检测到金华猪单一序列mirna有848个，大约克猪683个；金华猪预测的新单一序列mirna有369个，大约克猪231个；两个猪种间差异显著的mirna有288个(p<0.01)；相对丰度较高的前10个mirna的靶基因有1829个，这些靶基因主要参与了抗原加工和呈递、ⅰ型糖尿病、缝隙连接与精氨酸和脯氨酸代谢、同种异体移植排斥等代谢途径。本研究充实了猪mirna数据库，同时为研究猪乳腺中mirna的功能和调控机制提供了依据。