用于分子生物学检测的粪便dna的提取方法优化

？肠道微生物与人类健康有着密切的关系，对肠道微生物的研究是人类微生物组学工程的重点。目前对肠道微生物的研究主要采用分子生物学方法，粪便中肠道微生物基因组dna的提取质量是应用分子生物学技术的前提和实验成功与否的关键。为了探究最适的肠道微生物基因组dna提取方案，本实验以大鼠(rattusnorvegicus)粪便为材料，比较了5种目前较为常用的粪便基因组dna提取方法。从dna浓度、完整性、纯度和多样性等方面进行了比较和评价，选出最佳dna提取方法，并对最佳粪便用量和差速离心次数进行了优化。结果显示，先用差速离心法获得粪便中细菌，经化学法和酶法破碎细菌细胞后，用酚仿抽提法去除蛋白质获得核酸提取粪便基因组dna的效果最佳，对该方法的参数优化实验表明，若要进行宏基因组测序，采用0.2g粪便，差速离心1次；若采用16srrna-pcr方法检测肠道菌群的数量或者肠道菌群的多样性，用0.4g粪便，差速离心2次；用0.3g粪便差速离心1次提取的dna中pcr抑制物最少。本研究通过粪便中肠道微生物dna提取方法的优化，为后续肠道菌群分子检测工作提供了良好的基础资料。