香菇表达序列标签(est)的ssr分析及est-ssr引物的筛选

？从真菌基因组计划网站(fgp)和ncbi网站数据库下载了总长度为8.1mb的11150条香菇的est(包括香菇的10条cdna)序列，通过ssrhunter1.3软件结合手工查找，从中发现2.83％即316条est含有一共469个ssr.，平均每17.3kb出现一个est-ssr。在所有est-ssr中，三碱基和六碱基ssr出现最多，分别占est-ssr总数的38.00％和20.00%，出现较多的基元为(a)n、(t)n、(ga)n、(ag)n、(tga)n、(gat)n和(tcttt)n，占所有est-ssr的35.39％。利用oligo6.0软件设计了51对est-ssr引物，并选用其它物种的24对引物，对香菇菌株进行了pcr扩增。实验结果表明，设计的51对引物有39对具有明显的扩增产物，选用的其它物种的24对引物均没有清晰可见的特异性扩增产物。部分有扩增产物的est-ssr引物具有多态性。