基于简化基因组测序的京海黄鸡上市体重全基因组关联分析

？为了揭示京海黄鸡(gallusgallus)上市体重性状的遗传基础，寻找可用于京海黄鸡上市体重性状改良的分子标记及候选基因，本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了400只母鸡16周龄时上市体重，利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(genome-wideassociationstudy,gwas)，筛选与上市体重相关的单链核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,snps)位点。结果利用一般线性模型(generallinermodel,glm)共检测到15个与京海黄鸡上市体重显著相关的snps位点，其中4个位点达到全基因组显著水平(p＜1.87e-06)，11个位点达到全基因组潜在显著水平(p＜3.73e-05)；利用混合线性模型(mixedlinearmodel,mlm)筛选到6个与京海黄鸡上市体重显著相关的snps位点，其中2个snps位点达到全基因组显著水平(p＜1.87e-06)，4个位点达到全基因组潜在显著水平(p＜3.73e-05)。两种模型筛选到6个相同的显著snps位点，分别为rs1169337928、rs475641139、rs31633105、rs475856030、rs476878211和rs477915563。筛选每个显著snp周围1mb区域内的基因，共找到14个可能的候选基因，其中fam124a、qdpr、bcl11a、ldb2、bod1l1和wdr16个基因可能为影响上市体重的重要候选基因。同时还发现，14个snps中有9个集中分布在4号染色体上的75.641~79.592mb的区域内，表明该区域是影响京海黄鸡上市体重的重要候选区域。本研究为京海黄鸡的分子标记辅助选育提供理论素材。