基于线粒体基因组d-loop区全序列分析安义瓦灰鸡遗传多样性及其起源进化关系

？本研究旨在探究江西安义瓦灰鸡(gallusgallusdomestiaus)的遗传多样性和起源。对30只安义瓦灰鸡线粒体基因组(mitochondrialgenome,mtdna)d-loop区全序列的进行pcr扩增和测序(genbank登录号:kp893677~kp893682)，并结合genbank中红色原鸡的d-loop区序列，分析安义瓦灰鸡线粒体多态性及其起源。结果发现，安义瓦灰鸡mtdnad-loop区全长1231~1232bp，核苷酸多样性(pi)为(0.00613±0.00014)，单倍型多样性(hd)为(0.837±0.027)。在30只个体中，共发现18处单核苷酸多态位点，6种单倍型。系统发育分析发现，6种单倍型可以分为a、b、c3个分支，其中c为主要分支，有3种单倍型，a分支有1种倍型，b分支有2种倍型。a和b分支与红色原鸡滇南亚种(gallusgallusspadiceus)聚为一类，c分支与4个原鸡亚种聚为一类。研究结果表明，安义瓦灰鸡mtdnad-loop区有丰富的多态性，并且有多个母系起源，从分子水平上为安义瓦灰鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。