猪传染性胃肠炎病毒scy株3′端8.5kb片段的克隆及序列特征分析

？根据genbank的核酸序列，设计6对引物自tgevscy株中分别扩增了长为1.5kb、2.0kb、1.1kb、1.4kb、1.4kb、1.3kb的6个片段，经克隆测序拼接后获得8495bp的tgev部分序列。根据与其他tgev和冠状病毒的序列和结构特征比较表明，该段序列克隆了除tgev聚合酶基因以外的s、m、n、e、nsp3a、nsp3b、orf7共7个基因的核酸序列；根据s、m、n基因的序列构建了系统进化树，分析表明tgev-scy株与ts、hn2002、to14、pudue等毒株亲缘关系较近；密码子偏爱性分析结果认为tgev在对密码子的使用上存在轻微的偏向性，个别氨基酸偏向于选择以a和t结尾的密码子。