京海黄鸡体组成性状的全基因组关联分析

？为了获得影响京海黄鸡体组成性状的snps标记及候选基因，为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法，本研究使用illumina公司的鸡60ksnp芯片，对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5％bonferroni全基因组显著相关的snps（p<1.8e-6），130个达到5％bonferroni全基因组潜在相关的snps（p<3.59e-5）。13个显著snps位于grik1、ncapg、kcnip4和cacna2d2等12个基因的附近或内部，其中6个snps位于4号染色体上一个1.6mb区域（74.3～75.9mb）。130个潜在显著的snps中，有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4mb（71.5～78.9mb）的区域内。共构建了5650种单倍型，其中，14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关，14个单倍型中，9个位于4号染色体74.3～75.9mb区域内，该区域内包括lcorl、qdpr、kcnip4、ldb2和fam184b在内的多个功能基因。本研究结果表明，位于4号染色体的71.5～78.9mb区域以及该区域附近的grik1、ncapg、kcnip4、cacna2d2、lcorl、qdpr、kcnip4、ldb2和fam184b基因对京海黄鸡的体组成有重要影响。