牦牛cart基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析

？？旨在克隆牦牛可卡因-苯丙胺调节转录肽基因（cocaine-andamphetamine-regulatedtranscript，cart），获得基因全长序列并分析基因结构和相关遗传变异，检测单核苷酸多态性（snp）位点在不同品种牦牛群体中的分布，通过生物信息学相关方法分析预测snp位点对cart基因表达的影响，为牦牛cart基因功能研究奠定基础。以243头大通牦牛、208头天祝牦牛、208头甘南牦牛和53头帕里牦牛血样为材料，提取基因组dna，克隆出牦牛cart基因全长序列；运用高分辨率熔解曲线分析技术（high-resolutionmelting,hrm）检测cart基因4个snps在4个牦牛品种中的分布，进行遗传统计分析，并应用生物信息学分析snps可能对基因功能产生的影响。本研究发现，牦牛cart基因4个snps，1个位于基因上游序列、1个位于内含子、2个位于3′-utr。χ2检验表明，除大通牦牛v-221位点和甘南牦牛v1816位点外，其他所有群体各个位点都处于哈代-温伯格平衡（p>0.05）。群体遗传学分析显示，v168和v1816位点属于中度多态，v-221和v1791属于低度多态，单倍型c属于优势单倍型。生物信息分析发现，v1791和v1816位点碱基变化导致rna二级结构发生变化，可能会对cart基因的表达产生影响。