利用混合线性模型和bayescpi进行qtl-mas2011公共数据集的全基因组关联分析

？本研究利用mtdfreml对qtl-mas2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计，遗传力估计约为0.29。主成分分析显示，群体内不存在显著的群体分层现象，然后用2种模型进行全基因组关联分析研究。利用gapit程序包中的混合线性模型对qtl-mas2011公共数据进行全基因组关联分析，共得到10个显著的单核苷酸（snp）位点（p<0.05）,其中，4个显著的snps在1号染色体上，4个显著的snps在3号染色体上，2个显著的snps在5号染色体上。使用haploview软件对1～3号染色体上88个snps进行连锁不平衡（linkagedisequilibrium，ld）分析，确定2个qtls（qtl1和qtl5）分别在1号和3号染色体上，2、4、5号染色体没有检测到qtl。利用bayescpi模型进行全基因组关联分析研究，通过基因组窗口效应方差图谱确定1个qtl在1号染色体上，2个qtl在2号染色体上，1个qtl在3号染色体上。