山羊卵巢组织繁殖力相关差异表达基因片段的生物信息学分析

？为考察山羊多羔性的遗传基础，以不同繁殖力的河北中部本地固有山羊为研究对象，在发情期卵巢组织用差异表达pcr方法筛查到4条基因差异片段作为山羊繁殖力性状候选基因。对这些候选基因进行同源性和转录因子结合位点分析，发现4个差异片段中2条为新发现的表达片段。1条与野猪中获得的克隆片段thy010003e05的同源性为81%，但功能未知。另1条差异片段的序列与牛pcnp的mrna序列的同源性为94%，并据此对山羊pcnp基因进行pcr扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学的相关软件和方法，对山羊pcnp蛋白的理化性质、二级结构、信号肽、核定位序列、磷酸化位点、跨膜区域以及蛋白质功能域等进行预测。结果，山羊pcnp基因完整cds序列与牛的pcnp基因完整cds序列同源性为100%，编码区为537bp，编码179个氨基酸；推测与其他已报道的物种一样，山羊pcnp蛋白也是主要位于细胞核中的亲水蛋白，二级结构以无规则卷曲和α螺旋为主，局部为延伸链和β转角；预测出与pcnp蛋白相互作用的5种蛋白，另外还发现了3个lcr（lowcomplexityregion）区域。由此推测，pcnp在物种间相对保守，而且其最可能在细胞核中行使功能，对细胞周期或某些基因的表达产生影响，进而影响山羊繁殖力。