猪传染性胃肠炎病毒sc-y株编码复制酶聚蛋白orf1的克隆及结构特征分析

？应用rt-pcr方法扩增了猪传染性胃肠炎病毒sc-y株编码复制酶聚蛋白的orf1序列，将其进行克隆、序列测定和分析。确认scy株orf1全长20053nt（genbank收录号dq390461）。该序列包含2个orf，其中orf1a由12053个核苷酸构成，可编码由4018个氨基酸组成的多肽，orf1b由8036个核苷酸构成，可编码由2678个氨基酸组成的多肽。对sc-y与tgev参考毒株及不同冠状病毒对应区进行序列比较，结果显示，sc-y株与pur46mad株的同源性最高，orf1a的核苷酸同源性为99.5%，推导氨基酸同源性为99.2%，orf1b的核苷酸及推导氨基酸同源性均为99.8%；不同冠状病毒之间orf1b比orf1a具有更高的保守性。