兔病毒性出血症病毒yl株衣壳蛋白(vp60)基因的克隆和生物信息学分析

？应用rt-pcr方法从兔出血症病毒（rhdv）西北分离株yl株中克隆出衣壳蛋白vp60基因并测序，yl株是中国西北地区首株被测序的rhdv，测序结果显示vp60基因全长1740bp，编码579个氨基酸,测序结果在genbank中注册（登录号为dq530363）。从genbank下载全部已发表的40株rhdv序列，运用生物信息学软件分析，构建系统进化树和氨基酸序列同源性表，结果表明，世界不同地区rhdv分离株基因序列虽然非常保守，达到90%以上，但可以分为5个基因群，并且基因型和地域性没有必然联系，中国的分离株除了wx84株外，其它均处于第v基因群，该基因群内近年分离出的中国4个不同大地区（西北、华东、东北、西南）的rhdv毒株与nj85株遗传距离很近，很可能都来自同一毒株nj85。同时，对4个不同大地区的近年的4个代表性分离株的二级结构、抗原性进行了预测分析，结果显示二级结构有一定差异，但抗原性相同，这与rhdv只有一个血清型的看法相一致。