猪ctsd全长cdna的克隆和表达分析

？以人ctsdmrna全长序列为基序，在dbest库中搜索同源性大于80％、重叠大于40个碱基的猪est下载经seqman软件装配后，利用rt-pcr扩增到猪ctsd基因部分cdna序列。进一步通过race技术获得cdna全长（genbank收录号为dq018727），包括93bp5’utr区、706bp3’utr区和1233bporf，编码410个氨基酸残基。其编码区与人、鼠、牛、羊ctsd同源性分别为87.9％、78.2％、86.6％和85.0％，氨基酸序列与已测序的猪、人、鼠、、牛、羊氨基酸序列同源性分别为97.4%、86.6%、80.1%、86.0%、84.7%。疏水性分析和信号肽预测发现猪ctsd氨基酸序列存在至少7个疏水性区域，信号肽位点为第1-20个氨基酸残基。在ncbi进行blastp搜索结果显示猪ctsd氨基酸结构中含有asn（asparagine，天门冬酰胺）结构域，与天冬氨酸蛋白酶3d结构同源性高达99.7％，具有真核生物天冬氨酸蛋白酶的典型结构。以猪多组织rna池为模板，以1026bp部分cdna序列作为杂交探针进行northern杂交得到一条2000bp左右特异条带，从而验证了race产物为全长cdna并揭示该基因只有一个转录本。为了研究猪ctsd基因在体内表达的特点，采用半定量rt-pcr对ctsd基因在猪10个组织中的表达进行研究，结果表明在10个组织中均有表达，且表达量与β-actin内参接近。