烤烟SNARE蛋白基因T-NTGP2全长cDNA克隆与生物信息学分析

从烤烟品种南江3号(Nicotianatobacumcv.Nanjiang-3)均一化cDNA文库中克隆获得一个SNARE蛋白同源性较高的cDNA全长序列,命名为T-NTGP2,GenBank中的登录号为HO663897。利用ORFfinder和ProtParam软件分析显示,它包含一个长度为597bp的完整开放读码框,编码一个含有199个氨基酸、等电点为6.96、分子量为22.59kD的蛋白。Blast搜索结果及进化分析结果表明,烤烟T-NTGP2基因编码的蛋白与烤烟、杨树和蓖麻的Ykt6蛋白具有较高的同源性,其一致性分别为99%、91%和91%。该基因编码的蛋白具有一个典型的VAMP基元,同源分析表明该蛋白属于SNAREs中特殊longins中的Ykt6蛋白。