黄瓜绿斑驳花叶病毒抗原表位预测

探索通过生物信息学方法预测黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumbergreenmottlemosaicvirus,CGMMV)的抗原表位,为基于抗原表位策略制备CGMMV抗血清打下基础。利用MEGA软件中的邻近算法对CGMMV进行系统进化分析,结果显示,不同CGMMV分离物可分为2个类群,不同分离物间未见明显的寄主相关性和地理相关性。应用不同生物信息学软件对CGMMV外壳蛋白不同区域的抗原指数、蛋白二级结构进行分析,结合外壳蛋白三级结构预测结果综合分析,CGMMV外壳蛋白抗原表位区可能位于N端3-15、80-90、90-100位氨基酸残基附近。