基因VIb亚型半番鸭源新城疫病毒基因组测序及分析

根据GenBank上发布的新城疫病毒基因组序列，设计了9对引物，对从福建福州地区发病半番鸭场分离的新城疫病毒FJ-SMD-03株进行了基因组cDNA扩增测序和分析。结果表明：FJ-SMD-03的基因组序列由15192nt组成，在NP基因非编码区比Lasota株多了6个核苷酸ACACTC；基因组由6个ORF组成，即3′-NP-P-M-F-HN-L-5′序列。BLAST结果显示：FJ-SMD-03基因组核苷酸与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008、pigeon/Italy/1166/00、AV324/96和dove/Italy/2736/00相似性最高，达94.9%～98.5%；与疫苗株Lasota、Mukteswar和B1的相似性最低，为80.7%～83.3%；与我国标准强毒株F48E8及2002年从福建番鸭中分离到的基因VIId亚型强毒株Muscovyduck/China(Fujian)/FP1/02相似性较低，分别为82.5%和87.1%。F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117，具有强毒株序列特征，进化树分析发现，FJ-SMD-03属于ClassⅡ类基因VIb亚型，证明鸭群中有VIb亚型NDV强毒株；FJ-SMD-03株NDV与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00亲缘关系较近，与carrier-pigeon/Guangdong/2008形成一个小的进化分支，推测FJ-SMD-03株与carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00株来源于共同的祖代毒株，可能与鸽携带的病毒有关。