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牡丹SCoT分子标记正交优化及引物筛选
DOI: 10.7668/hbnxb.2011.05.019
Keywords: 牡丹 ,SCoT-PCR ,反应体系 ,正交设计 ,引物筛选
Abstract:
以牡丹基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)的五因素(Taq酶用量、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了优化的牡丹SCoT-PCR反应体系:Mg2+2.50mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、引物0.60μmol/L、TaqDNA聚合酶0.50U、模板DNA1.00ng/μL,1×PCR-Buffer,总体积20.00μL。比较各因素对扩增反应的结果,其中以Mg2+浓度的影响最大,DNA模板用量的影响最小。运用牡丹17个品种验证了该体系稳定可靠,并从36个SCoT引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的24个引物。这一体系的建立及多态性引物的筛选为今后利用SCoT标记技术对牡丹进行相关研究提供了科学依据。
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