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葡萄EST-SSR引物的开发及部分种质聚类分析
DOI: 10.7668/hbnxb.2014.02.023
Keywords: 葡萄 ,EST-SSR ,聚类分析
Abstract:
借助SSRs软件查找葡萄属含有SSR的EST序列,从葡萄属EST-SSR数据库中开发新型的EST-SSR标记,进行可利用性筛选,并设计引物。共开发出28对引物,从中筛选到16对多态性引物对62份葡萄材料进行PCR扩增。计算相似系数并构建聚类树状图,通过聚类分析研究葡萄属不同品种之间的亲缘关系,进一步验证EST-SSR在葡萄种质分类鉴定中的可行性。结果表明:绝大多数材料间的相似系数大于0.74,62份供试材料在相似系数0.658处可分为4个类群,大多数亲缘关系较近的种质资源都聚集在一起,相似系数种内较种间大,与传统分类情况基本一致。
References
[1] 贺普超. 葡萄学[M]. 北京: 中国农业出版社,1999:4 -34. [2] 韩振海. 落叶果树种质资源学[M]. 北京: 中国农业出版社,1995:14-30. [3] 王 华, 崔福君, 张继澍, 等. 现代生物技术在葡萄种质资源及品种改良研究中的应用[J]. 中 外葡萄与葡萄酒,2003(1):18-21. [4] 祁栋灵, 周庆阳, 刘三军. 利用叶形结构数值分析葡萄种质亲 缘 关系 的 研究 [J]. 中 国 南 方 果 树, 2005, 34(3):64-68. [5] 梁国鲁, 李育农, 李晓林. 苹果属植物染色体基数 x =17 起源 的 细 胞遗传学研究 [J]. 果 树科学, 1994, 11(4):216-220. [6] Xie H, Sui Y, Chang F Q, et al. SSR allelic variation inalmond(Prunua dulcis Mill. ) [J]. Theoretical and Ap-plied Genetics,2006,112(2):366-372. [7] 陈昆松, 李 方, 徐昌 杰, 等. 改良 CTAB 法用于多年生植 物 组 织 基 因 组 DNA 的 大 量 提 取 [J]. 遗 传,2004,26(4):529-531. [8] Bassam B J, Caetano-anolle G, Gresshoff P M. Fast andsensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels[J]. Anal Biochem,1991,196(1):80-83. [9] 刘三军, 孔庆山, 顾 红. 我国葡萄属植物孢粉学分类研究[J]. 果树科学,1997,14(2):100-105. [10] 何永华, 李朝銮, 曹亚玲. 葡萄属营养器官的比较解剖学及其系统学意义[J]. 植物分类学报, 1994, 32(2):154-164. [11] 刘三军, 孔庆山, 顾 红, 等. 我国 野生葡萄过氧化物酶同工酶研究[J]. 果树学报,1998,15(4):322-326. [12] 卢 江. 基因定位及其在园艺作物遗传育种方面的应用[J]. 园艺学报,1995,22(1):165-179. [13] 张立平, 林柏年, 沈德绪, 等. 葡萄属 RAPD 分类研究[J]. 园艺学报,1998,25(2):191-193. [14] 姚利华, 滕元文. EST-SSR 标记及其在果树研究中的应用[J]. 果树学报,2008,25(2):219-224. [15] 姚利华. 苹果属 EST-SSR 标记开发及其在梨属 上的转移性[D]. 杭州: 浙江大学,2008. [16] 郭 磊, 上官凌飞, 房经贵, 等. 葡萄 EST-SSR 标记的开发及 其 应 用 [J]. 南 京 农 业 大 学 学 报, 2011, 34(4):23-30. [17] 徐小彪, 廖 娇, 黄春辉, 等. 基于 EST-SSR 标记分析猕猴桃种质遗传关系 [J]. 果树学报, 2012, 29 (2):212-216. [18] Chen C, Zhou P, Choi Y A, et al. Mining and characteri-zing microsatellites from citrus ESTs[J]. Theoretical andApplied Genetics,2006,112(7):1248-1257. [19] Cordeiro G M, Casu R, Mcintyre C L, et al. Microatellitemarkers from sugarcane (Sacchamm spp. ) ESTs crosstransferable to erianthus and sorghum [J]. Plant Sci-ence,2001,160(6):1115-1123. [20] 王 娟. 苹果 EST-SSR 引 物的开发及部分品 种亲缘关系分析[D]. 郑州: 河南农业大学,2009. [21] 王 娟, 宋尚 伟. SSR 标记在苹果种质资源及遗传育种研究中的应用[J]. 河南农业科学, 2009(5): 16 -19. [22] 孙文英, 张玉星, 陈世昌, 等. 梨 SSR 反应体系的优化[J]. 河南农业科学,2010(8):101-105. [23] 董清华, 王西成, 赵密珍, 等. 草莓 EST-SSR 标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用[J]. 中国农业科学,2011,44(17):3603-3612. [24] 齐建勋, 郝艳宾, 朱 艳, 等. 核桃属种质资源的 EST-SSR 标记研究[J]. 园艺学报,2011,38(3):441-448. [25] 孙清明, 马文朝, 马帅鹏, 等. 荔枝 EST 资源的 SSR 信息分析及 EST-SSR 标记开 发 [J]. 中 国 农 业 科 学,2011,44(19):4037-4049. [26] 吴 硕, 傅建敏, 乌云塔娜, 等. 柿 EST-SSR 引 物的开发及筛选[J]. 经济林研究,2012,30(3):27-31.
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