活性污泥高质量RNA快速提取方法研究

通过比较RNA产量、纯度、降解程度、特定基因的扩增能力、微生物多样性等评价指标，考察和探讨了5种不同RNA提取方法对活性污泥总RNA提取效果的影响并最终建立了一种快速、有效的活性污泥RNA提取方法，即在TENP和PBS洗涤沉淀污泥的基础上，分别采用溶菌酶和TRIzol裂解活性污泥细菌、氯仿去除细菌裂解液中的蛋白和大部分DNA、异丙醇沉淀核酸和DNaseI水解残留DNA后,最后进一步用离心柱纯化RNA.结果表明，这种方法可以有效提取高质量的菌群RNA，不仅提取的RNA总量多（每g污泥可提取169.6μgRNA）、纯度高、降解程度低、完整性好、具有丰富的生物多样性，而且可同时进行16SrRNA和amoA基因的RT-PCR扩增反应；与其它方法相比，性价比高，具有明显的优越性，适用于活性污泥RNA的大量提取，同时，T-RFLP结果证明RNA提取方法对分析样品的微生物种类和丰度分析结果影响较大，不同的RNA提取方法所获得的微生物群落基因多样性及其种类、丰度均不同.本研究建立了一种快速、有效的高质量RNA提取方法，将在监测活性污泥菌群动态变化、菌群代谢功能学、微生物群落芯片等研究上具有重要意义.