溴化乙锭对B-DNA碱基对特异性识别的分子模拟研究

溴化乙锭是一种常用的DNA荧光探针,其作用机制是通过插入作用与DNA分子形成稳定的复合物.分子模拟显示,溴化乙锭插入碱基对过程中有大小沟选择性,对结合能的统计分析发现,溴化乙锭分子更倾向从小沟方向插入到DNA分子中.由溴化乙锭从小沟方向插入不同碱基对的结合能考察发现,溴化乙锭对DNA碱基对有特异性识别,并且与CA碱基对结合能最强.对溴化乙锭插入DNA分子的驱动力和序列特异性识别的作用力分析,揭示溴化乙锭插入DNA分子的驱动力和碱基对的特异性识别均以静电作用为主.