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化学学报 2009
FKBP12蛋白与其抑制剂结合的分子动力学模拟和结合自由能计算, PP. 1019-1025 Keywords: 分子动力学,MM-GBSA,结合自由能,FKBP12,抑制剂 Abstract: FKBP12(FK506-bindingprotein-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白.采用分子动力学模拟取样,运用MM-GBSA方法计算了FKBP12和3个抑制剂(GPI-1046,308和107)的绝对结合自由能,GPI-1046的结合能最小,308小于107的结合能.通过能量分解的方法考察了FKBP12蛋白的主要残基与抑制剂之间的相互作用和识别,计算结果表明3个抑制剂具有相似的结合模式,Ile56和Tyr82主要表现为氢键作用,Tyr26,Phe46,Val55,Ile56,Trp59,Tyr82,Tyr87和Phe99形成疏水作用区.计算结果和实验结果吻合.
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