β-环糊精和甾类化合物的分子动力学模拟

运用分子动力学(moleculardynamics,MD)和MM-PBSA(molecularmechanics/PoissonBoltzmannsurfacearea)相结合的方法预测了β-环糊精(cyclodextrin,CD)和甾类客体分子包结模式.通过重原子均方根偏差(rootmeansquaredeviation,RMSD)分析可得,两种包结模式下客体分子都可以和β-CD形成稳定的包结.在MD轨迹采样基础上,采用高效MM-PBSA方法计算了两种包结模式下的包结自由能.计算结果显示,β-CD和三个甾类客体分子包结的主要驱动力为范德华相互作用,而溶剂化能和熵变则不利于体系的包结.进一步分析平均构象和包结自由能发现,对于波尼松龙,D-up(D-ringuporientation)取向为优势包结模式;而乙炔雌二醇和雌三醇的优势包结模式均为A-up(A-ringuporientation)取向.通过比较β-CD和三个客体分子的理论包结自由能,预测包结稳定性的次序为乙炔雌二醇＞雌三醇＞波尼松龙,和实验结果相一致.