分子模拟用于尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的筛选

为获得尤文肉瘤EWS-FLI1融合蛋白有效的HLA-A2.1限制性CTL表位,综合运用BIMAS,SYFPEITHI,Predep和IEDB方案对EWS-FLI1进行CTL表位的预测,得出8个CTL表位9肽序列;应用多项式方案、量化基序方案对8个表位9肽进一步进行筛选,获得其中4个9肽序列,并进一步运用分子模拟方法初步模拟了4个表位肽与HLA-A2.1分子间的相互结合作用;应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽,RP-HPLC与MS分别鉴定合成肽的纯度与分子量;通过亲和力实验验证了表位肽QIQLWQFLL(EWS-FLI1304)与HLA-A2.1有较强的结合力,从而为表位肽的后继免疫学特性研究提供了基础.本研究提供了一个合理高效的表位筛选方法.