Lee, E. H.; Hsin, J.; Sotomayor, M.; Comellas, G.; Schulten, K. Structure 2009, 17, 1295.
[2]
Dror, R. O.; Jensen, M. ?.; Borhani, D. W.; Shaw, D. E. J. Gen. Physiol. 2010, 135, 555.
[3]
Alder, B. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1957, 27, 1208.
[4]
Chipot, C. In Nanoscience: Nanobiotechnology and Nanobiology, Eds: Boisseau, P.; Lahmani, M.; Houdy, P., Springer, Heidelberg, Dordrecht, London, New York, 2009.
[5]
Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 159, 98.
[6]
Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
[7]
Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta Jr., S.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
[8]
Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469.
[9]
Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812.
[10]
Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press, Oxford, 1987.
[11]
Frenkel, D.; Smit, B. Understanding Molecular Simulations: From Algorithms to Applications, Academic Press, San Diego, CA, 1996.
[12]
Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255.
[13]
Hoover, W. G. Phys. Rev. 1985, A31, 1695.
[14]
Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384.
[15]
Izaguirre, J. A.; Reich, S.; Skeel, R. D. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9853
[16]
Ryckaert, J.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
[17]
Andersen, H. C. J. Comput. Phys. 1983, 52, 24.
[18]
Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952.
[19]
Brown, D.; Clarke, J. H. R.; Okuda, M.; Yamazaki, T. Comput. Phys. Commun. 1993, 74, 67.
[20]
Chipot, C.; ángyán, J. G. New J. Chem. 2005, 29, 411.
[21]
Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.
[22]
Plimpton, S. J. Comput. Phys. 1995, 117, 1.
[23]
Bowers, K. J.; Chow, E.; Xu, Huafeng; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Gregersen, B. A.; Klepeis, J. L.; Kolossvary, I.; Moraes, M. A.; Sacerdoti, F. D.; Salmon, J. K.; Shan, Y. B.; Shaw, D. E. In Proceedings of the 2006 ACM/IEEE Conference on Supercomputing, 2006.
[24]
Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theor. Comput. 2008, 4, 435.
[25]
Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341.
[26]
Dror, R. O.; Arlow, D. H.; Maragakis, P.; Mildorf, T. J.; Pan, A. C.; Xu, H.; Borhani, D. W.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 18684.
[27]
Wriggers, W.; Stafford, K. A.; Shan, Y.B.; Piana, S.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Miller, P. J.; Gullingsrud, J.; Rendleman, C. A.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. J. Chem. Theor. Comput. 2009, 5, 2595.
[28]
Freddolino, P. L.; Harrison, C. B.; Liu, Y.; Schulten, K. Nature Phys. 2010, 6, 751.
[29]
Gumbart, J.; Trabuco, L. G.; Schreiner, E.; Villa, E.; Schulten, K. Structure 2009, 17, 1453.
[30]
Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. Structure 2006, 14, 1767.
[31]
Freddolino, P. L.; Schulten, K. Biophys. J. 2009, 97, 2338.
[32]
Rajan, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. PLoS One 2010, 5, e9890.
[33]
Bowman, G. R.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 10890.
[34]
Beauchamp, K. A.; Ensign, D. L.; Das, R.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 12734.
[35]
Freddolino, P. L.; Liu, F.; Gruebele, M.; Schulten, K. Biophys. J. 2008, 94, L75.
[36]
Ensign, D. L.; Pande, V. S. Biophys. J. 2009, 96, L53.
[37]
Lane, T. J.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 18413.
[38]
Freddolino, P. L.; Park, S.; Roux, B.; Schulten, K. Biophys. J. 2009, 96, 3772.
[39]
Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins: Struct. Funct. Bioinfo. 2010, 78, 1950.
[40]
Kollman, P.; Dixon, R.; Cornell, W.; Fox, T.; Chipot, C.; Pohorille, A. In Computer Simulation of Biomolecular Systems: Theoretical and Experimental Applications, Eds.: Van Gunsteren, W. F.; Weiner, P. K., Escom, The Netherlands, 1997, p. 83.
[41]
Le, L.; Lee, E. H.; Hardy, D. J.; Truong, T. N.; Schulten, K. PLoS Comput. Biol. 2010, 6.
[42]
Wang, Y.; Tajkhorshid, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 9598.
[43]
Dehez, F.; Pebay-Peyroula, E.; Chipot, C. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12725.
[44]
Krammer, E. M.; Ravaud, S.; Dehez, F.; Frelet-Barrand, A.; Pebay-Peyroula, E.; Chipot, C. Biophys. J. 2009, 97, L25.
Jensen, M. ?.; Jogini, V.; Borhani, D. W.; Leffler, A. E.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2012, 336, 229.
[47]
Nury, H.; Poitevin, F.; Van Renterghem, C.; Changeux, J. P.; Corringer, P. J.; Delarue, M.; Baaden, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 6275.
[48]
Dror, R. O.; Pan, A. C.; Arlow, D. H.; Borhani, D. W.; Maragakis, P.; Shan, Y.; Xu, H.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 13118.
[49]
Buch, I.; Giorgino, T.; Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 10184.
[50]
Eds.: Chipot, C.; Pohorille, A., Free Energy Calculations. Theory and Applications in Chemistry and Biology, Springer Verlag, 2007.
[51]
Hénin, J.; Forin, G.; Chipot, C.; Klein, M. L. J. Chem. Theor. Comput. 2010, 6, 35.
[52]
Lelièvre, T.; Stoltz, G.; Rousset, M., Free Energy Computations: A Mathematical Perspective, Imperial College Press, London, 2010.
[53]
Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
[54]
Sugita, Y.; Kitao, A.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6042.
[55]
Fukunishi, H.; Watanabe, O.; Takada, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9058.
[56]
Dellago, C.; Bolhuis, P. G.; Csajka, F. S.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1998, 108, 1964.
[57]
Weinan, E.; Ren, W. Q.; Vanden-Eijnden, E. Phys. Rev. B 2002, 66, 052301.
[58]
Maragliano, L.; Vanden-Eijnden, E. Chem. Phys. Lett. 2006, 426, 168.
[59]
Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880.
[60]
Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. Ann. Rev. Phys. Chem. 2002, 59, 291.
[61]
Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Chem. Phys. 1977, 66, 1402.
[62]
Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275.
[63]
Huber, T.; Torda, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Aided Mol. Des. 1994, 8, 695.
[64]
Grubmüller, H. Phys. Rev. E 1995, 52, 2893.
[65]
Chipot, C.; Lelièvre, T. SIAM J. Appl. Math. 2011, 71, 1673.
[66]
Minoukadeh, K.; Chipot, C.; Lelièvre, T. J. Chem. Theor. Comput. 2010, 6, 1008.
[67]
Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545.
[68]
Jarzynski, C. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 2690.
[69]
Crooks, G. E. Phys. Rev. E 1999, 60, 2721.
[70]
Jensen, M. ?.; Park, S.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 6731.
[71]
Fu, D.; Libson, A.; Miercke, L. J.; Weitzman, C.; Nollert, P.; Krucinski, J.; Stroud, R. M. Science 2000, 290, 481.
[72]
Hénin, J.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K.; Chipot, C. Biophys. J. 2008, 94, 832.
[73]
Bernèche, S.; Roux, B. Nature 2001, 414, 73.
[74]
Doyle, D. A.; Cabral, J. M.; Pfuetzner, R. A.; Kuo, A. L.; Gulbis, J. M.; Cohen, S. L.; Chait, B. T.; MacKinnon, R. Science 1998, 280, 69.
[75]
Gumbart, J. C.; Chipot, C.; Schulten, K. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 7602.
[76]
Gumbart, J. C.; Chipot, C.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 3596.
[77]
Dorairaj, S.; Allen, T. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 4943.
[78]
Hessa, T.; Kim, H.; Bihlmaier, K.; Lundin, C.; Boekel, J.; Andersson, H.; Nilsson, I.; White, S. H.; von Heijne, G. Nature 2005, 433, 377.
[79]
Trabuco, L. G.; Villa, E.; Mitra, K.; Frank, J.; Schulten, K. Structure 2008, 16, 673.
[80]
Trabuco, L. G.; Villa, E.; Schreiner, E.; Harrison, C. B.; Schulten, K. Methods 2009, 49, 174.
[81]
McCammon, J. A.; Gelin, B. R.; Karplus, M. Nature 1977, 267, 585.
[82]
Schulten, K.; Phillips, J. C.; Kalé, L. V.; Bhatele, A. In Petascale Computing: Algorithms and Applications, Ed.: Bader, D., Chapman and Hall/CRC Press, Taylor and Francis Group, New York, 2008, p. 165.
[83]
van Gunsteren, W. F.; Bakowies, D.; Baron, R.; Chandrasekhar, I.; Christen, M.; Daura, X.; Gee, P.; Geerke, D. P.; Gl?ttli, A.; Hünenberger, P. H.; Kastenholz, M. A.; Oostenbrink, C.; Schenk, M.; Trzesniak, D.; van der Vegt, N. F. A.; Yu, H. B. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2006, 45, 4064.
[84]
Klein, M. L.; Shinoda, W. Science 2008, 321, 798.
[85]
Villa, E.; Sengupta, J.; Trabuco, L. G.; LeBarron, J.; Baxter,W. T.; Shaikh, T. R.; Grassucci, R. A.; Nissen, P.; Ehrenberg, M.; Schulten, K.; Frank, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 1063.
[86]
De Leeuw, S. W.; Perram, J. W.; Smith, E. R. Proc. R. Soc. London 1980, A373, 27.
[87]
Darden, T. A.; York, D. M.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
[88]
Toukmaji, A. Y.; Board Jr., J. A. Comput. Phys. Commun. 1996, 95, 73.
[89]
Tuckerman, M. E.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Phys. Chem. B 1992, 97, 1990.
[90]
Sagui, C.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 73.
[91]
Engle, R. D.; Skeel, R. D.; Drees, M. J. Comput. Phys. 2005, 206, 432.
[92]
Grubmüller, H.; Heller, H.; Schulten, K. MC-Computermagazin 1988, 11, 48.
Couturier, R.; Chipot, C. Comput. Phys. Commun. 2000, 124, 49.
[95]
Bhandarkar, M.; Kalé, L. V.; de Sturler, E.; Hoeflinger, J. In Computational Science - ICCS 200, Proceedings part 2, Eds.: Alexandrov, V. N.; Dongarra, J. J.; Juliano, B. A.; Renner, R. S.; Tan, C. J. K., vol. 2074, 2001, pp. 108～117.
[96]
Javadi, B.; Kondo, D.; Vincent, J. M.; Anderson, D. P. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems 2011, 22, 1896.
[97]
Richards, W. G. Nature Rev. Drug Discov. 2002, 1, 551.
[98]
Shirts, M.; Pande, V. Science 2000, 290, 1903.
[99]
Markoff, J. The New York Times 2003.
[100]
Stone, J. E.; Phillips, J. C.; Freddolino, P. L.; Hardy, D. J.; Trabuco, L. G.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2618.
[101]
Anderson, J. A.; Lorenz, C. D.; Travesset, A. J. Comp. Phys. 2008, 227,5342.
[102]
Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossváry, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; McLeavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. SIGARCH Comput. Archit. News 2007, 35, 1.
[103]
2012, The simulation of the AIDS virus capsid, representing about 12.5 million atoms, is one of the six projects selected for the launch of the petascale supercomputer Blue Waters, which harbors over 380,000 cores.
[104]
Mei, C.; Sun, Y.; Zheng, G.; Bohm, E. J.; Kalé, L. V.; Phillips, J. C.; Harrison, C. In Proceedings of the 2011 ACM/IEEE Conference on Supercomputing, 2011, p. 12.
[105]
Bowman, G. R.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 664.
[106]
Liu, Y.; Strümpfer, J.; Freddolino, P. L.; Gruebele, M.; Schulten, K. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 1117.
[107]
Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517.
[108]
Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
[109]
Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12562.
[110]
Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169.
[111]
Hénin, J.; Chipot, C. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2904.
[112]
Carter, E.; Ciccotti, G.; Hynes, J. T.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1989, 156, 472.
[113]
Rosso, L.; Tuckerman, M. E. Mol. Simul. 2002, 28, 91.
[114]
Karplus, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006, 35, 1.
