Yang, F.; Liang, Y.; Yang, F. J. Acta Chim. Sinica 2003, 61, 803 (杨芳, 梁毅, 杨芳(小), 化学学报, 2003, 61, 803.)
[3]
Chen, C.; Xiao, Y. Bioinformatics 2008, 24, 659.
[4]
Zhou, R. Methods Mol. Biol. 2006, 350, 205.
[5]
Xie, Y.; Zhou, J.; Jiang, S. Y. J. Chem. Phys. 2010, 132, 065101.
[6]
Earl, D. J.; Deem, M. W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3910.
[7]
Zhou, R.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 14931.
[8]
Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 13280.
[9]
Zhou, R. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 451.
[10]
Haliloglu, T.; Kolinski, A.; Skolnick, J. Biopolymers 2003, 70, 548.
[11]
Chen, J.; Won, H. S.; Im, W.; Dyson, H. J.; Brooks, C. L. J. Biomol. NMR. 2005, 31, 59.
[12]
La Penna, G.; Mitsutake, A.; Masuya, M.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 2003, 380, 609.
[13]
Vreede, J.; Crielaard, W.; Hellingwerf, K. J.; Bolhuis, P. G. Biophys. J. 2005, 88, 3525.
[14]
Jas, G. S.; Kuczera, K. Biophys. J. 2004, 87, 3786.
[15]
Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M.; García, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 9229.
[16]
Antoine, R.; Compagnon, I.; Rayane, D.; Broyer, M.; Dugourd, P.; Breaux, G.; Hagemeister, F. C.; Pippen, D.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6737.
[17]
Chebaro, Y.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7668.
[18]
Cecchini, M.; Rao, F.; Seeber, M.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10748.
[19]
Lu, Y.; Wei, G.; Derreumaux, P. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1282.
[20]
Cochran, A. G.; Skelton, N. J.; Starovasnik, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 5578.
[21]
Du, D.; Zhu, Y.; Huang, C. Y.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 15915.
[22]
Juraszek, J. Ph.D. Dissertation, University of Amsterdam, Amsterdam, 2008.
[23]
Olsen, K. A.; Fesinmeyer, R. M.; Stewart, J. M.; Andersen, N. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 15483.
Rathore, N.; Chopra, M.; De Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 024111.
[26]
Rao, F.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 4035.
[27]
Zhang, W.; Wu, C.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2005, 123, 154105.
[28]
van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A. R.; Apol, E.; Meulenhoff, P. J.; Tieleman, D. P.; Sijbers, A. L. T. M.; Feenstra, K. A.; van Drunen, R.; Berendsen, H. J. C. Gromacs User Manual, version 4.5, 2010, www.gromacs.org.
[29]
Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
[30]
Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
[31]
Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins 1995, 21, 167.
[32]
Karplus, M.; ？ali, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 58.
[33]
Zhou, J.; Thorpe, I. F.; Izvekov, S.; Voth, G. A. Biophys. J. 2007, 92, 4289.
[34]
Thorpe, I. F.; Zhou, J.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 13079.
[35]
Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884.
[36]
Hansmann, U. H. E. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140.
[37]
Kinnear, B. S.; Jarrold, M. F.; Hansmann, U. H. E. J. Mol. Graphics Modell. 2004, 22, 397.
[38]
Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2004, 120, 417.
[39]
Hansmann, U. H. E.; Wille, L. T. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 68105.
[40]
Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
[41]
Zhang, J.; Qin, M.; Wang, W. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 62, 672.
[42]
Munoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196.
[43]
Sindhikara, D.; Meng, Y.; Roitberg, A. E. J. Chem. Phys. 2008, 128, 024103.
[44]
Sindhikara, D. J.; Emerson, D. J.; Roitberg, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2804.
[45]
Katzgraber, H. G.; Trebst, S.; Huse, D. A.; Troyer, M. J. Stat. Mech.: Theory Exp. 2006, 2006, P03018.
[46]
Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
[47]
Shaytan, A. K.; Shaitan, K. V.; Khokhlov, A. R. Biomacromolecules 2009, 10, 1224.
[48]
Marsh, J. A.; Teichmann, S. A. Structure 2011, 19, 859.
[49]
Lins, L.; Thomas, A.; Brasseur, R. Protein Sci. 2003, 12, 1406.
[50]
Periole, X.; Mark, A. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014903.
[51]
Jang, S.; Kim, E.; Pak, Y. Proteins 2007, 66, 53.
[52]
Blanco, F. J.; Rivas, G.; Serrano, L. Nat. Struct. Mol. Biol. 1994, 1, 584. Zagrovic, B.; Sorin, E. J.; Pande, V. J. Mol. Biol. 2001, 313, 151.
