全部 标题 作者
关键词 摘要

OALib Journal期刊
ISSN: 2333-9721
费用:99美元

查看量下载量

相关文章

更多...
化学学报  2013 

青海弧菌荧光素酶蛋白三维结构的分子模拟研究

DOI: 10.6023/A13030339, PP. 1035-1040

Keywords: 异源二聚体,荧光素酶,同源建模,淡水发光菌,分子动力学

Full-Text   Cite this paper   Add to My Lib

Abstract:

基于荧光素酶催化发光的生物发光技术在化学、生命与环境科学等领域得到广泛应用.部分萤火虫和发光细菌的荧光素酶晶体三维结构已经解析出来.青海弧菌(Vibrioqinghaiensissp.-Q67,简称Q67)是从青海湖青海裸鲤中提取的一种新型淡水发光细菌,已用于化学品的生物检测及毒性评价.然而,其催化发光过程中最重要的荧光素酶三维结构尚未解析,阻碍了化学品对Q67产生毒性的机理研究进程.本工作通过异源二聚体同源建模与分子动力学模拟方法构建了Q67荧光素酶的三维结构.研究结果表明,Q67荧光素酶蛋白有α和β两个多肽亚基,范德华力是维持α/β稳定结构的主要作用力,而α/β亚基携带的净电荷产生的静电相互作用不利于体系稳定.缔合的专一性则由α/β亚基接触面上的极性基团之间的氢键实现.底物黄素单核苷酸与Q67荧光素酶的结合位点在α亚基活性口袋中,β亚基有利于保持α亚基活性口袋的稳定性.

References

[1]  Razgulin, A.; Ma, N.; Rao, J. H. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 4186.
[2]  Campbell, Z. T.; Weichsel, A.; Montfort, W. R.; Baldwin, T. O. Biochemistry 2009, 48, 6085.
[3]  Auld, D. S.; Lovell, S.; Thorne, N.; Lea, W. A.; Maloney, D. J.; Shen, M.; Rai, G.; Battaile, K. P.; Thomas, C. J.; Simeonov, A.; Hanzlik, R. P.; Inglese, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 4878.
[4]  Sundlov, J. A.; Fontaine, D. M.; Southworth, T. L.; Branchini, B. R.; Gulick, A. M. Biochemistry 2012, 51, 6493.
[5]  Nakatsu, T.; Ichiyama, S.; Hiratake, J.; Saldanha, A.; Kobashi, N.; Sakata, K.; Kato, H. Nature 2006, 440, 372.
[6]  Fisher, A. J.; Thompson, T. B.; Thoden, J. B.; Baldwin, T. O.; Rayment, I. J. Biol. Chem. 1996, 271, 21956.
[7]  Yamasaki, S.; Yamada, S.; Takehara, K. Anal. Sci. 2013, 29, 41.
[8]  Zhu, W. J.; Zheng, T. L.; Li, W. M. Luminous Bacteria and Environmental Monitoring, China Light Industry Press, Beijing, 2009. (朱文杰, 郑天凌, 李伟民, 发光细菌与环境毒性检测, 中国轻工业出版社, 北京, 2009.)
[9]  Bureau of Environmental Protection People's Republic of China, Monitoring And Analysis Methods about Water And Wastewater, 4th ed., China Environmental Science Press, Beijing, 2002. (国家环境保护局, 水和废水监测分析方法(第四版), 中国环境科学出版社, 北京, 2002.)
[10]  Li, J.; Jiang, G. X.; Yang, B.; Dong, X. H.; Feng, L. Y.; Lin, S.; Chen, F.; Ashraf, M.; Jiang, Y. M. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 402, 1347.
[11]  Ma, X. Y.; Wang, X. C.; Liu, Y. J. J. Hazard. Mater. 2011, 190, 100.
[12]  Liu, S. S.; Zhang, J.; Zhang, Y. H.; Qin, L. T. Acta Chim. Sinica 2012, 70, 1511. (刘树深, 张瑾, 张亚辉, 覃礼堂, 化学学报, 2012, 70, 1511.)
[13]  Liu, S. S.; Song, X. Q.; Liu, H. L.; Zhang, Y. H.; Zhang, J. Chemosphere 2009, 75, 381.
[14]  Dou, R. N.; Liu, S. S.; Mo, L. Y.; Liu, H. L.; Deng, F. C. Environ. Sci. Pollut. Res. 2011, 18, 734.
[15]  Zhu, X. W.; Liu, S. S.; Ge, H. L.; Liu, Y. Water Res. 2009, 43, 1731.
[16]  Zhang, J.; Liu, S.-S.; Yu, Z.-Y.; Zhang, J. Chemosphere 2013, 91, 462.
[17]  Wang, L. J.; Liu, S. S.; Yuan, J.; Liu, H. L. Chemosphere 2011, 84, 1440.
[18]  Cai, W.; Christophe, C. Acta Chim. Sinica 2013, 71, 159. (蔡文生, Christophe Chipot, 化学学报, 2013, 71, 159.)
[19]  Baris, I.; Tuncel, A.; Ozber, N.; Keskin, O.; Kavakli, I. H. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, 1.
[20]  Taveecharoenkool, T.; Angsuthanasombat, C.; Kanchanawarin, C. PMC Biophys. 2010, 3, 10.
[21]  Fukuhara, N.; Go, N.; Kawabata, T. Biophysics 2007, 3, 13.
[22]  Fukuhara, N.; Kawabata, T. Nucleic Acids Res. 2008, 36, W185.
[23]  Moore, S. A.; James, M. N. G. J. Mol. Biol. 1995, 249, 195.
[24]  Kita, A.; Kasai, S.; Miyata, M.; Miki, K. Acta Crystallogr. Sect. D: Biol. Crystallogr. 1996, 52, 77.
[25]  Yang, Z.; Lasker, K.; Schneidman-Duhovny, D.; Webb, B.; Huang, C. C.; Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Meng, E. C.; Sali, A.; Ferrin, T. E. J. Struct. Biol. 2012, 179, 269.
[26]  Thorne, N.; Shen, M.; Lea, W. A.; Simeonov, A.; Lovell, S.; Auld, D. S.; Inglese, J. Chem. Biol. 2012, 19, 1060.
[27]  Loening, A. M.; Fenn, T. D.; Gambhir, S. S. J. Mol. Biol. 2007, 374, 1017.
[28]  Aufhammer, S. W.; Warkentin, E.; Ermler, U.; Hagemeier, C. H.; Thauer, R. K.; Shima, S. Protein Sci. 2005, 14, 1840.
[29]  Conti, E.; Franks, N. P.; Brick, P. Structure 1996, 4, 287.
[30]  Thoden, J. B.; Holden, H. M.; Fisher, A. J.; Sinclair, J. F.; Wesenberg, G.; Baldwin, T. O.; Rayment, I. Protein Sci. 1997, 6, 13.
[31]  Ke, D. C.; Tu, S. C. Photochem. Photobiol. 2011, 87, 1346.
[32]  Fiser, A.; Do, R. K. G.; Sali, A. Protein Sci. 2000, 9, 1753.
[33]  Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
[34]  Han, M.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 136.
[35]  Khuntawee, W.; Rungrotmongkol, T.; Hannongbua, S. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 76.
[36]  Chen, X.; Zhao, X.; Wang, S.; Wang, L.; Li, W.; Sun, C. Acta Chim. Sinica 2013, 71, 199. (陈晓光, 赵晓杰, 王嵩, 王丽萍, 李惟, 孙家钟, 化学学报, 2013, 71, 199.)
[37]  Hou, T. J.; Wang, J. M.; Li, Y. Y.; Wang, W. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69.
[38]  Greenidge, P. A.; Kramer, C.; Mozziconacci, J. C.; Wolf, R. M. J. Chem. Inf. Model. 2013, 53, 201.

Full-Text

Contact Us

service@oalib.com

QQ:3279437679

WhatsApp +8615387084133